Nel 1200 Villa non esisteva ancora, nel punto in cui ora si trova sorgeva un monastero dedicato a San Sebastiano.

Non lontano, dove oggi sorge Sfratati, c'era un paesino chiamato Santa Croce ove risiedevano poche famiglie.

In seguito alla battaglia di Tagliacozzo fra Carlo D'Angiò e Corradino di Svevia (1268).

Queste famiglie fuggirono dal loro paesino e si rifugiarono nel monastero di San Sebastiano, intorno al monastero poi nacquero le prime case.

Con il tempo altre famiglie venute da Roma si stabilirono nella zona e in onore dal vecchio monastero chiamarono il paese Villa San Sebastiano.

Una testimonianza dell'appartenenza di Villa al Regno delle Due Sicilie viene da questo contratto 
di compravendita nel quale oltre alla data 15 gennaio 1816 si vede bene il timbro del Regno delle Due Sicilie e poco sotto appena visibile lo stesso timbro ma del tipo "a secco".